Новое имя, новое значение
В 1949 году ЛФИ был переименован в Ленинградский химико-фармацевтический институт и вошел уже в подчинение Министерству здравоохранения СССР.
Он стал специализироваться как высшее учебное заведение для подготовки инженеров-химиков-технологов и инженеров-микробиологов для химико-фармацевтических заводов и заводов по производству антибиотиков. В 1950-1951 годах институт разрабатывал 40 научных тем, большая часть которых определялась запросами заводов медицинской промышленности. В 1952 году в ЛХФИ создан отдел научно-исследовательских работ (ОНИР) для выполнения хоздоговорных научных исследований. С сентября 1957 года в составе института начала действовать научно-исследовательская лаборатория лекарственных препаратов (НИЛ): в 1958 году организовано заочное отделение подготовки провизоров при фармацевтическом факультете; 1960 год ознаменовался открытием в институте факультета усовершенствования провизоров и инженерно-технических работников медицинской промышленности. Институтом союзного значения он был до 1959 года, когда вновь перешел в подчинение Министерству здравоохранения РСФСР. Таковым институт на сей раз пробыл с 1959 года по 1965 год. С января 1965 года Ленинградскому химико-фармацевтическому институту предоставлено право принимать к защите докторские диссертации, присуждать ученую степень доктора фармацевтических, биологических, химических наук.